Una secuenciación de ADN lee pequeños fragmentos del genoma (en inglés, reads) que luego un programa de alineamiento intentará encajar (en inglés, mapping) sobre el genoma de referencia. Para ello, buscará posiciones en la referencia en las que las letras coincidan con el fragmento (en la figura se señalan con líneas que unen las letras de referencia y fragmento) permitiendo unos pocos errores (Fuente).